病因明确者应予相应的药物治疗。如念珠菌龟头炎可外用制霉素菌霜、克霉唑、益康唑、咪康唑霜，或口服抗真菌药，如伊曲康唑、氟康唑、咪康唑、酮康唑。滴虫性龟头炎可选用甲硝唑、替硝唑、曲古霉素。阿米巴性龟头炎给予依米丁、甲硝唑、替硝唑。如配偶同时患有念珠菌性阴道炎或滴虫性阴道炎，必须同时治疗。