根据您的描述，末次月经9月6号，9月30号同房，10月3号口服紧急避孕药，10月12号查出怀孕，这个宝宝是可以保留的，也就是说，受两周内用药对胎儿是全和无的影响。全即导致流产，无则不受影响。按时间推算，9月22号为排卵期，22号到10月3号之间口服的药物对胎宝宝都没有影响