精液从避孕套根部流出来了，不一定会导致怀孕。女朋友腰酸而且小腹有点疼，可能是有生殖道炎症，也可能是月经来潮的前兆，不过也不排除受精卵着床的可能性。同床后两周可以通过早孕测试来确认是否怀孕，建议一周后做验孕测试看看。