特异性致病菌感染者，最好的治疗方法是应用抗生素。若直肠炎是因用抗生素而破坏正常肠道菌群所致，则选用灭滴灵或万古霉素，可消灭这些有害的致病菌。对放射治疗或病因不明者，可采用皮质激素，如氢化可的松和另一种抗炎药5-氨基水杨酸治疗，两者均可作为灌肠或栓剂用药。另一种皮质类固醇可的松还可以制成泡沫剂随导管插入直肠内使用。同时可口服水杨酸偶氮磺胺吡啶或类似药物。如果上述治疗方法未能减轻炎症，则需口服皮质类固醇治疗。