由于甲状腺在人类颈部，它出现病变后都会影响周围的器官，对于甲状腺囊肿手术后出现呼吸困难问题，可能有两个因素，第一：手术后导致气管受压迫，故此有阻塞感，呼吸不顺畅；第二：囊肿影响气管正常运作，虽然切除，但气管已经受到损伤。建议再做详细的检查，确定具体原因后及时处理。