对于非典的治疗，为了防治细菌感染，应使用抗生素覆盖社区获得性肺炎的常见病原体，临床上可选用大环内酯类（如阿奇霉素等）、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、四环素类等，如果痰培养或临床上提示有耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染或耐青霉素肺炎链球菌感染，可选用（去甲）万古霉素等。除此之外，至今尚无肯定有效抗病毒药物治疗，治疗时可选择试用抗病毒药物。