卡肺囊虫肺炎通过空气和飞沫传染。卡氏肺囊虫虽广泛感染于人和动物，但通常仅少数虫体寄生于肺泡内（隐性感染），如遇到虚弱乳幼儿、先天性免疫缺陷及用免疫抑制药治疗中的病儿等，开始迅速增殖，而引起肺炎。如婴儿室的空气被PC污染，则可造成新生儿之间相互感染而流行。